天保5（1834）年、都宇郡帯江新田村（倉敷市茶屋町）の織物屋・児島屋の家に生まれる。児島屋は札元として藩札の発行等にも関与していたが、それが仇となり、父の急死を機に店を閉じて一旦江戸に出て武家社会に入る。しかし、江戸になじまず、再び故郷で分相応の仕事を志向する。それが、先祖代々の「織物」であり、また、地元特産品の藺草の活用であった。
　明治11（1878）年、苦労の末に花莚「RR錦莞莚RBきんかんえんRT」の発明に成功する。当時の常識と物理的限界を超えた精細さ（目の細かさ）を実現するために織機自体を新たにつくり、画期的な藺草染色方法も自ら発明することで、曲線を含む複雑でカラフルな模様を自由に表現することを可能にした。ただ、高価すぎて国内での販売は不振でしたが、輸出品として成功すると花莚業ブームを巻き起こした。そのため技術保護にも配慮し、日本の特許制度の礎を築くことに繋がっている。眠亀の製莚事業は明治20年代が最盛期で、「錦莞莚」は日本の重要輸出品目にまでに成長する。殖産興業の功績で明治30（1897）年に緑綬褒章を受章。翌年には業界を引退した。
　青年時分から筋を通す癖があり、外国商人の卑劣な商法にただ一人真正面から対峙したこともある。明治41（1908）年永眠。改修された旧宅は、昭和63（1988）年、磯崎眠亀記念館として開館し、平成12（2000）年に国の登録有形文化財建造物に指定された。