穴門山神社あなとやまじんじゃの社叢は、周辺の渓谷を含む約10haの広さで石灰岩の岩盤の上に巨樹が生い茂っています。植物の種類も多く、昭和5（1930）年の調査によると、438種類が記録されており、現在では市内屈指の原生林となっています。山の頂上部は赤マツ林で、クマザサが下草となっています。
　谷を下るにつれて、木の種類も多くなり、ケヤキ、トチの木、カエデ、カツラなどの高木層こうぼくそうをつくり、その下には多種類の低木が茂っています。温暖で湿気にも恵まれ、草木、シダ類も生育が盛んです。