薬師院の入口にある仁王門は、江戸時代中期の建立とされ、伽藍の西端に位置する二層門です。 初層は門の両脇に阿形・吽形の仁王が立ち、二層には五大明王(不動・隆ごう三ざん世ぜ・軍ぐん荼だ利り・大威徳・金剛夜叉)が、山門ならびに境内の聖域を守護しています。 近年部分修理を実施したところ、寛文4(1664)年刻銘の瓦が確認されました。江戸時代の建築様式を良好にとどめた建築です。